Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (Cgh)

Karşılaştırmalı Genomik Hibridizasyon (Cgh) :

Buraya kadar anlatılanlardan da anlaşılacağı gibi, FISH yapılabilmesi için bilinen bir veya birkaç spesifık kromozom bölgesinde değişikliklerin beklenmesi gerekmektedir. Ancak daha önceden öngörülemeyen kromozomal anormalliklerin saptanabilmesi CGH gibi global bir strateji ile mümkündür. Bu yöntemde test edilecek D A ve normal referans DNA iki farklı floresan boya (genellikle kırmızı refle veren CyS ve yeşil refle veren Cy3) ile işaretlenmekte ve ardından hibridize edilmektedir. Eğer bir kromozomal bölge için her iki örnek de aynı ise (test edilen örnek diploid ise) genomun bütün bölgeleri (kırmızı ve yeşilin eşit miktarlarda birleşinıiyle) san florensan verecektir. Test edilen örneğin herhangi bir kromozomal bölgesinde fazla DNA varsa (örneğin amplifikasyon sonucunda), bu örneğin işaretlemesinde kullanılan boya için artmış sinyal elde edilecektir.

Delesyon olduğu zaman da bunun tam tersi görülecek, normal referans örneğini işaretlemekte kullanılan boya için artmış sinyal elde edilecektir. Konvansiyonel sitogenetikten daha yüksek rezolüsyona sahip olmasına rağmen, CGH yine de submikroskopik değişiklikleri gösterememektedir. Bu nedenle son yıllarda "array-based CGH' gibi bir yaklaşım geliştirilmiştir. Bu yöntemde genomik DNA'mn kısa segmentleri solid bir matrikse, genellikle cam slâyt üzerine konmaktadır. Düzgün aralıklarla alınan bu segmentleri genellikle insan genomunun 22 otozom ve X kromozomunu kapsar.

Bundan sonraki basamaklar konvansiyonel CGH gibidir; sadece iki farklı işaretlenen örneğin hibridizasyonu cam slayt üzerinde olmaktadır (Şekil 7-39A). Test edilen örnekteki amplifıkasyonlar ve delesyonlar belirgin ölçüde daha iyi (200-300 kilobaz (kb) rezolüsyonda) lokalize edilebilir. Tek nükleotid polimorfizmi (single-nucleotide polymorphism-SNP) kullanan yeni jenerasyon mikroarray'ler ile daha da yüksek rezolüsyon elde etmek mümkündür ve bunlar günümüzde kanserden otizme kadar birçok farklı hastalıkta kopya sayısındaki anormallikleri ortaya koymak için kullanılmaktadır

SENDE YORUM YAP!

Whatsapp